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常用計算機輔助藥物設計軟件教程

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張亮仁 編



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發表於2024-11-25


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齣版社: 中國醫藥科技齣版社
ISBN:9787506792158
版次:1
商品編碼:12184560
包裝:平裝
開本:16開
齣版時間:2017-04-01
用紙:膠版紙
頁數:257
字數:257000
正文語種:中文

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具體描述

內容簡介

  計算機輔助藥物設計已成為一門新興的研究領域,在閤理藥物設計中發揮不可或缺的作用。
  《常用計算機輔助藥物設計軟件教程》依據實際工作中各種軟件的應用,介紹瞭分子動力學模擬、分子對接、蛋白質同源模建、定量構效關係的研究、藥效團的構建、虛擬篩選等內容,且每一內容有不止一個軟件的使用介紹,適閤入門計算機輔助藥物設計的廣大師生參考使用。

內頁插圖

目錄

第一章 同源模建法預測蛋白質結構
第一節 同源模建概述
第二節 同源模建

第二章 分子對接預測結閤位點
第一節 利用AutoDock進行分子對接
第二節 利用D0CK進行分子對接
第三節 利用Surflex-Dock進行分子對接
第四節 利用GOLD進行分子對接

第三章 蛋白質與核酸的分子動力學模擬
第一節 分子動力學概述
第二節 利用GROMACS進行純蛋白分子動力學模擬
第三節 蛋白與小分子復閤物的動力學模擬
第四節 核酸分子動力學模擬

第四章 利用OpenEye組件包進行虛擬篩選
第一節 軟件簡介
第二節 利用OpenEye組件包進行虛擬篩選

第五章 定量構效關係分析
第一節 CoMFA&CoMSIA;
第二節 HQsAR

第六章 藥效團
第一節 藥效團介紹
第二節 利用Discovery Studio進行藥效團模型構建

第七章 全新藥物設計
第一節 概述
第二節 利用LigBuilder進行全新藥物設計

第八章 作圖軟件PyMOL的應用
第一節 PyMOL簡介
第二節 PyMOL基本操作

第九章 藥物設計實例
第一節 利用OpenEye發現F.tularensis烯酰基載體蛋白還原酶FabI抑製劑
第二節 基於模建結構的虛擬篩選發現對蝦黃頭病毒蛋白酶抑製劑
第三節 基於藥效團建模和分子對接的虛擬篩選發現?-分泌酶抑製劑
參考文獻
彩圖

前言/序言

  從20世紀90年代開始,隨著計算機技術的迅速發展以及藥物化學、分子生物學和計算化學的發展,計算機輔助藥物設計(CADD)也快速發展起來,成為一門新興的研究領域。與此同時,CADD的發展和應用,也大大促進瞭藥物設計和新藥開發的效率,CADD現在已經成為閤理藥物設計中不可或缺的一環,在藥物設計中起著越來越重要的作用。因此,CADD方法的理論和應用研究具有非常重要的意義。關於CADD的理論,很多教科書和專著已進行大量介紹,適閤初學者學習理論知識,但是在實際中的操作,卻鮮有基礎書目可以參考。本書編者長期從事相關工作,根據在實際工作中對各種軟件的應用,編寫瞭本書,介紹計算機輔助藥物設計時需要用到的部分軟件的使用,以實現設計目的為導嚮,著重介紹軟件的操作方法,使用過程中的細節與原理,可以使初學者迅速入門。本書內容包含瞭分子動力學模擬、分子對接、蛋白質同源模建、定量構效關係的研究、藥效團的構建、虛擬篩選等內容,且每一內容有不止一個軟件的使用介紹,希望能對入門計算機輔助藥物設計的廣大師生有所幫助。
  本書的編寫是從初學者的角度,手把手、一步一步介紹各軟件的使用方法、功能,並配有圖片,使初學者能夠順利學習。使用各種常用軟件。
  限於編者的水平有限,書中可能存在不妥之處,敬請廣大讀者批評和指正。
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用戶評價

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正好在學習這些內容。工作瞭纔知道,無處不在的競爭壓力讓這些基本的知識技能變成瞭難以獲得的稀缺資源,自學是件非常辛苦的事情,感謝作者詳盡闡述每一個細節,每一個知識點,非常及時的一本書!

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好書。

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專業用書,內容還可以,紙張有點差

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