內容簡介
計算機輔助藥物設計已成為一門新興的研究領域,在閤理藥物設計中發揮不可或缺的作用。
《常用計算機輔助藥物設計軟件教程》依據實際工作中各種軟件的應用,介紹瞭分子動力學模擬、分子對接、蛋白質同源模建、定量構效關係的研究、藥效團的構建、虛擬篩選等內容,且每一內容有不止一個軟件的使用介紹,適閤入門計算機輔助藥物設計的廣大師生參考使用。
內頁插圖
目錄
第一章 同源模建法預測蛋白質結構
第一節 同源模建概述
第二節 同源模建
第二章 分子對接預測結閤位點
第一節 利用AutoDock進行分子對接
第二節 利用D0CK進行分子對接
第三節 利用Surflex-Dock進行分子對接
第四節 利用GOLD進行分子對接
第三章 蛋白質與核酸的分子動力學模擬
第一節 分子動力學概述
第二節 利用GROMACS進行純蛋白分子動力學模擬
第三節 蛋白與小分子復閤物的動力學模擬
第四節 核酸分子動力學模擬
第四章 利用OpenEye組件包進行虛擬篩選
第一節 軟件簡介
第二節 利用OpenEye組件包進行虛擬篩選
第五章 定量構效關係分析
第一節 CoMFA&CoMSIA;
第二節 HQsAR
第六章 藥效團
第一節 藥效團介紹
第二節 利用Discovery Studio進行藥效團模型構建
第七章 全新藥物設計
第一節 概述
第二節 利用LigBuilder進行全新藥物設計
第八章 作圖軟件PyMOL的應用
第一節 PyMOL簡介
第二節 PyMOL基本操作
第九章 藥物設計實例
第一節 利用OpenEye發現F.tularensis烯酰基載體蛋白還原酶FabI抑製劑
第二節 基於模建結構的虛擬篩選發現對蝦黃頭病毒蛋白酶抑製劑
第三節 基於藥效團建模和分子對接的虛擬篩選發現?-分泌酶抑製劑
參考文獻
彩圖
前言/序言
從20世紀90年代開始,隨著計算機技術的迅速發展以及藥物化學、分子生物學和計算化學的發展,計算機輔助藥物設計(CADD)也快速發展起來,成為一門新興的研究領域。與此同時,CADD的發展和應用,也大大促進瞭藥物設計和新藥開發的效率,CADD現在已經成為閤理藥物設計中不可或缺的一環,在藥物設計中起著越來越重要的作用。因此,CADD方法的理論和應用研究具有非常重要的意義。關於CADD的理論,很多教科書和專著已進行大量介紹,適閤初學者學習理論知識,但是在實際中的操作,卻鮮有基礎書目可以參考。本書編者長期從事相關工作,根據在實際工作中對各種軟件的應用,編寫瞭本書,介紹計算機輔助藥物設計時需要用到的部分軟件的使用,以實現設計目的為導嚮,著重介紹軟件的操作方法,使用過程中的細節與原理,可以使初學者迅速入門。本書內容包含瞭分子動力學模擬、分子對接、蛋白質同源模建、定量構效關係的研究、藥效團的構建、虛擬篩選等內容,且每一內容有不止一個軟件的使用介紹,希望能對入門計算機輔助藥物設計的廣大師生有所幫助。
本書的編寫是從初學者的角度,手把手、一步一步介紹各軟件的使用方法、功能,並配有圖片,使初學者能夠順利學習。使用各種常用軟件。
限於編者的水平有限,書中可能存在不妥之處,敬請廣大讀者批評和指正。
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