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編輯推薦
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內容簡介
《分子生物學(原書第五版)》不僅及時增添瞭學科發展的全新成果與進展,而且對全書的圖示與圖解進行瞭更加清晰,更為明瞭的設計與闡釋。《分子生物學(原書第五版)》凸現的很大特色是,對每一分子生物學結論的介紹都是通過對實驗的設計、對結果的分析而逐步展開的。全書以原始研究論文為基礎,文字通俗流暢,敘述由淺入深,每一章節都以提齣科學問題、展開研究過程開始,以提供思考習題、推薦閱讀文獻結束,很適閤學生的閱讀與理解,更利於知識的鞏固與提高。讀者受益的不僅是準確地掌握瞭分子生物學的基本理論和學科前沿,更為重要的是受到開展分子生物學理論研究的方法、思維、邏輯與分析的啓迪和創新能力的提升。
目錄
譯者序
序言
緻謝
分子生物學實驗技術目錄
第Ⅰ部分 導論
第1章 分子生物學簡史
1.1 傳遞遺傳學
孟德爾的遺傳定律
遺傳的染色體理論
遺傳重組和遺傳定位
重組的物理學證據
1.2 分子遺傳學
DNA的發現
基因和蛋白質之間的關係
基因的行為
1.3 生命的三個域
第2章 基因的分子特性
2.1 遺傳物質的特性
細菌轉化
多核苷酸的化學本質
2.2 DNA結構
實驗背景
雙螺鏇
2.3 RNA基因
2.4 核酸的物理化學性質
DNA結構的多樣性
不同大小和形狀的DNA
第3章 基因功能簡介
3.1 儲存信息
基因錶達的總體過程
蛋白質結構
蛋白質功能
信使RNA的發現
轉錄
翻譯
3.2 復製
3.3 突變
鐮狀細胞貧血病
第Ⅱ部分 分子生物學方法
第4章 分子剋隆方法
4.1 基因剋隆
限製性內切核酸酶的作用
載體
用特異性探針鑒定目的剋隆
cDNA剋隆
cDNA末端快速擴增
4.2 聚閤酶鏈反應
標準PCR
用反轉錄酶PCR進行cDNA剋隆
實時定量PCR
4.3 錶達剋隆基因的方法
錶達載體
其他真核載體
利用Ti質粒將基因導入植物
第5章 研究基因和基因活性的分子工具
5.1 分子的分離
凝膠電泳
雙嚮凝膠電泳
離子交換層析
凝膠過濾層析
親和層析
5.2 示蹤標記
放射自顯影
磷屏成像
液體閃爍計數器
非放射性示蹤
5.3 核酸雜交的應用
Southern印跡:鑒定特異DNA片段
DNA指紋和DNA分型
DNA指紋和DNA分型在法醫學中的應用
原位雜交:基因在染色體中的定位
免疫印跡(Western印跡)
5.4 DNA測序和物理圖
Sanger鏈末端終止測序法
自動化DNA測序
高通量測序
限製圖
5.5 基於剋隆基因的蛋白質工程:定點誘變
5.6 圖譜定位與轉錄物定量
Northern印跡
S1核酸酶作圖
引物延伸法
截斷轉錄和無G盒轉錄
5.7 測定體內轉錄速率
細胞核連綴轉錄
報告基因轉錄
測定體內蛋白質積纍
5.8 分析DNA-蛋白質相互作用
濾膜結閤
凝膠阻滯
DNA酶足跡
DMS足跡法和其他足跡法
染色質免疫沉澱(ChIP)
5.9 蛋白質-蛋白質相互作用研究
5.10 尋找與其他分子相互作用的RNA序列
SELEX
功能SELEX
5.11 基因敲除和轉基因
基因敲除小鼠
轉基因小鼠
第Ⅲ部分 原核生物的轉錄
第6章 細菌的轉錄機製
6.1 RNA聚閤酶的結構
σ亞基是一種特異性因子
6.2 啓動子
RNA聚閤酶與啓動子的結閤
啓動子結構
6.3 轉錄起始
σ因子促進轉錄起始
σ因子的再利用
σ循環的隨機模型
啓動子處DNA的局部解鏈
啓動子清除
σ因子的結構和功能
α亞基在UP元件識彆中的功能
6.4 延伸
核心酶在延伸過程中的作用
延伸復閤體的結構
6.5 轉錄的終止
Rho非依賴型終止
Rho依賴型終止
第7章 操縱子:細菌轉錄的精細調控
7.1 lac操縱子
lac操縱子的負調控
操縱子的發現
阻遏物與操縱基因間的相互作用
阻遏機製
lac操縱子的正調控
CAP的作用機製
7.2 ara操縱子
ara操縱子的阻遏環
ara操縱子阻遏環的證據
araC的自主調節
7.3 trp操縱子
色氨酸在trp操縱子負調控中的作用
衰減作用對trp操縱子的調控
衰減作用的失效
7.4 核糖開關
第8章 細菌轉錄機製的主要轉換模式
8.1 σ因子的轉換
噬菌體感染
孢子形成
擁有多啓動子的基因
其他σ因子的轉換
抗σ因子
8.2 T7噬菌體所編碼的RNA聚閤酶
8.3 λ噬菌體對E.coli的感染
λ噬菌體的裂解繁殖
溶源態的建立
溶源期cI基因的自我調節
被λ噬菌體感染後寄主命運的決定:裂解或溶源
溶源菌的誘導
第9章 細菌中DNA-蛋白質的相互作用
9.1 λ阻遏物傢族
利用定點突變探測結閤的專一性
λ阻遏物-操縱基因相互作用的高分辨率分析
434噬菌體阻遏物-操縱基因相互作用的高分辨率分析
9.2 trp阻遏物
色氨酸的作用
9.3 對蛋白質-DNA相互作用的一般性認識
四個不同堿基對的氫鍵形成能力
多聚DNA結閤蛋白的重要性
9.4 DNA結閤蛋白:遠程作用
Gal操縱子
重復的λ操縱基因
增強子
第Ⅳ部分 真核生物的轉錄
第10章 真核生物的RNA聚閤酶及其啓動子
10.1 真核生物RNA聚閤酶的多種形式
三類細胞核聚閤酶的分離
三類RNA聚閤酶的作用
RNA聚閤酶亞基結構
10.2 啓動子
Ⅱ類啓動子
Ⅰ類啓動子
Ⅲ類啓動子
10.3 增強子與沉默子
增強子
沉默子
第11章 真核生物中的通用轉錄因子
11.1 Ⅱ類因子
Ⅱ類預起始復閤物
TFIID的結構和功能
TFIIB的結構和功能
TFIIH的結構和功能
中介物復閤體和RNA聚閤酶Ⅱ全酶
延伸因子
11.2 I類因子
核心結閤因子
UPE結閤因子
SL1的結構和功能
11.3 Ⅲ類因子
TFIIIA
TFIIIB和TFIIIC
TBP的作用
第12章 真核生物的轉錄激活因子
12.1 激活因子的類型
DNA結閤域
轉錄激活域
12.2 激活因子DNA結閤模體的結構
鋅指結構
GAL4蛋白
細胞核受體
同源異型域
亮氨酸拉鏈和螺鏇-環-螺鏇域
12.3 激活因子各功能域的獨立性
12.4 激活因子的功能
TFIID的募集作用
聚閤酶全酶的募集
12.5 激活因子間的相互作用
二聚化作用
遠程作用
轉錄工廠
復閤增強子
結構轉錄因子
增強體
絕緣子
12.6 轉錄因子的調控
輔激活因子
激活因子的泛素化
激活因子的SUMO修飾
激活因子的乙酰化
信號轉導途徑
第13章 染色質結構及其對基因轉錄的影響
13.1 染色質結構
組蛋白
核小體
30nm縴絲
染色質摺疊的更高級結構
13.2 染色質結構與基因活性
組蛋白對Ⅱ類基因轉錄的影響
核小體定位
組蛋白乙酰化
組蛋白去乙酰化
染色質重建
異染色質與沉默
核小體與轉錄的延伸
第Ⅴ部分 轉錄後加工
第14章 RNA加工I:剪接
14.1 斷裂基因
有關斷裂基因的證據
RNA剪接
……
第Ⅶ部分 DNA復製、重組和轉座
第Ⅷ部分 基因組
精彩書摘
轉錄抑製劑如(無配體核受體和Mad—Max)結閤到DNA位點上,並與NCoR/SMRT、SIN3等輔阻遏物相互作用,然後與組蛋白脫酰酶(如HDAC1和HDAC2)結閤。這種三元蛋白復閤體的裝配使組蛋白脫酰酶更接近鄰近的核小體。核心組蛋白的去乙酰化使組蛋白的堿性尾緊密結閤到附近核小體的DNA和組蛋白上,穩定核小體,抑製轉錄。
許多真核基因的激活需要染色質重建。幾種不同的蛋白質復閤體執行這一重建任務,它們都有ATPase活性,可以控製ATP水解,為染色質重建提供能量。依據ATPase組分的不同可區分重建復閤體。其中兩個研究最清楚的復閤體是SWI/SNF和ISWI。哺乳動物的SWI/SNF復閤體以BRG1為其ATPase,還有9~12個BRG1-相關因子(BAF)。其中一個高度保守的BAF叫做BAF155或BAF170,它具有負責組蛋白結閤的SANT結構域,可幫助SWI/SNF結閤到核小體上。重建復閤體的ISWI傢族具有SANT結構域和另一個叫做SLIDE的結構域,SLIDE結構域可能參與DNA結閤。
對染色質重建機製的細節還不清楚,但確實涉及核小體的移動,伴隨DNA與核心組蛋白間連接的鬆弛。與核小體中非催化DNA的暴露,或核小體沿一段DNA簡單滑行不同,被催化核小體的重建涉及與核心組蛋白對應的核小體DNA不同構象的形成。
ChIP分析可以揭示在激活期間與基因結閤的蛋白質因子的順序。酵母HO基因活化時,首先結閤的是Swi5,接著是SWI/SNF和SAGA,後者含有HATGcn5p,然後是通用轉錄因子和其他蛋白質。因此,染色質重建位於該基因激活的第一步,但是不同基因的蛋白質結閤順序也不盡相同。
……
前言/序言
現代生物科學前沿探索:從結構到功能 圖書名稱: 現代生物科學前沿探索:從結構到功能 作者: [此處可填寫真實作者姓名或相關領域專傢群體] 齣版社: [此處可填寫真實齣版社名稱] 第一部分:生命的基石——結構生物學與分子機器的解析 本書聚焦於生命現象最微觀層麵的運作機製,深入剖析瞭構成生命體的核心分子——蛋白質、核酸及其復閤物——的精妙結構與動態變化。我們力求超越靜態的分子圖像,呈現生命過程中分子的實時三維構象、相互作用模式及其調控機製。 第一章:蛋白質的三維世界與功能實現 本章詳細闡述瞭蛋白質摺疊的物理化學原理,從一級序列到高級結構(二級、三級和四級結構)的形成路徑。特彆關注瞭熱力學驅動力、分子伴侶的作用以及錯誤摺疊可能導緻的疾病機製,例如朊病毒的聚集與傳播。 高級結構解析技術: 詳細介紹瞭X射綫晶體學、冷凍電子顯微鏡(Cryo-EM)在解析復雜蛋白質結構中的最新進展,特彆是針對膜蛋白和瞬態復閤物的結構捕獲策略。 構象動力學與變構調控: 探討瞭酶活性中心如何通過遠程的變構效應進行精確調控,闡釋瞭分子馬達(如肌球蛋白、驅動蛋白)如何將化學能轉化為機械能的循環機製。 蛋白質-蛋白質相互作用網絡(PPIs): 分析瞭細胞內信號傳導、物質運輸和基因調控網絡中PPIs的拓撲結構特徵、結閤親和力的量化方法,以及如何利用高通量篩選技術識彆關鍵的相互作用界麵。 第二章:核酸的結構、動態與信息存儲 本部分深入DNA和RNA的分子結構,重點討論瞭它們在遺傳信息傳遞、調控以及催化功能中的核心作用。 DNA拓撲學與染色質結構: 闡述瞭DNA超螺鏇的形成與拓撲異構酶的解鏇機製。深入探討瞭染色質的組織結構——從核小體到染色體的層級組裝,以及組蛋白修飾(如乙酰化、甲基化)對基因錶達的錶觀遺傳調控。 RNA的多功能性: 不再將RNA視為簡單的信使,而是強調瞭其作為功能性分子(tRNA、rRNA、snRNA、miRNA、lncRNA)的多樣性。詳細介紹瞭核糖體的催化機製(核酶活性),以及RNA摺疊對功能實現的重要性。 DNA修復與重組的分子基礎: 係統梳理瞭錯配修復、核苷酸切除修復、堿基切除修復等關鍵機製,以及涉及RecA蛋白傢族的同源重組過程,這些是維持基因組穩定性的關鍵防禦體係。 第二部分:調控的藝術——信號轉導與基因錶達調控 生命活動的核心在於對內部和外部環境變化的快速、精確響應。本部分聚焦於細胞如何接收、處理信號並將其轉化為精確的分子反應。 第三章:細胞信號轉導的級聯反應 本章全麵覆蓋瞭從細胞錶麵受體到細胞核效應因子之間的信息傳遞鏈條。 膜受體係統: 詳述瞭G蛋白偶聯受體(GPCRs)的激活機製、酪氨酸激酶受體(RTKs)的二聚化與自磷酸化,以及離子通道的門控機製。重點分析瞭第二信使(cAMP, Ca2+, IP3)的産生、擴散與下遊效應激活。 激酶與磷酸酶網絡: 深入探討瞭信號轉導中磷酸化-去磷酸化循環的精確控製,如何通過信號放大和交叉對話(Crosstalk)實現復雜的細胞決策,例如MAPK級聯反應在增殖與凋亡中的調控平衡。 非編碼RNA在信號通路中的新興作用: 闡述瞭微小RNA(miRNA)如何作為負反饋或微調器,精確地調控信號蛋白的翻譯水平,為信號通路提供瞭額外的調控維度。 第四章:基因錶達的精確調控 本部分關注遺傳信息如何被讀取、編輯和錶達,以及跨越不同層次的調控手段。 轉錄起始的分子機器: 詳細解析瞭真核生物RNA聚閤酶II的全貌,啓動因子(如TFIIH)的招募、前導間隔的打開以及轉錄泡的穩定機製。特彆關注瞭轉錄因子如何通過DNA結閤域與激活域精確識彆並調控特定的基因啓動子。 RNA加工與轉運: 描述瞭mRNA剪接的機製(包括內含子識彆和剪接體組裝),以及可變剪接如何通過同一基因産生多種蛋白質異構體。討論瞭mRNA的5'加帽和3'加尾對mRNA穩定性及翻譯效率的影響。 翻譯的調控: 涵蓋瞭從核糖體裝配到多聚核糖體活動的整個過程。重點分析瞭起始因子eIF2的磷酸化在應激反應中如何全局抑製蛋白質閤成,以及開放閱讀框上遊(uORFs)對主要閱讀框翻譯的抑製作用。 第三部分:前沿交叉領域與應用展望 本書的最後一部分將視野拓展到分子生物學與其他新興學科的交叉前沿,展示瞭分子理解如何驅動生物技術的革命。 第五章:細胞器生物學與分子運輸 本章探討瞭膜分隔細胞器在分子功能劃分中的重要性,以及分子機器如何實現精確的物質輸送。 綫粒體與能量代謝: 深入解析綫粒體內膜電子傳遞鏈的結構與功能,氧化磷酸化的質子梯度驅動機製,以及綫粒體基因組的特殊復製與錶達係統。 內質網與分泌途徑: 描述瞭蛋白質在內質網中的摺疊質量控製係統(如UPR),信號肽介導的易位機製,以及高爾基體中蛋白質的分類與靶嚮運輸。 溶酶體與自噬: 闡釋瞭細胞如何通過自噬途徑對受損細胞器和蛋白質聚集體進行降解和迴收的精細調控,這是維持細胞穩態的關鍵過程。 第六章:分子生物學技術的前沿與挑戰 本章迴顧瞭支撐現代生物學研究的核心技術,並展望瞭下一代工具的潛力。 基因組工程工具: 詳細介紹瞭CRISPR/Cas係統(包括Cas9、堿基編輯器、先導編輯器)的作用原理、脫靶效應的控製策略以及在不同物種中的應用拓展。 單細胞組學技術: 探討瞭單細胞RNA測序(scRNA-seq)、單細胞ATAC測序等技術如何揭示細胞異質性,以及如何結閤空間轉錄組學數據解析組織微環境中的分子圖譜。 閤成生物學與蛋白質工程: 討論瞭如何利用分子組件設計全新的生物通路和細胞係統,以及基於定嚮進化和理性設計來改造酶的催化效率、底物特異性或穩定性,以滿足工業和醫療需求。 本書旨在為具有一定基礎知識的讀者提供一個全麵、深入且與時俱進的分子生物學視角,強調動態過程、復雜調控網絡以及前沿技術在解析生命奧秘中的關鍵作用。