(1)内容覆盖面广,涉及常见的生物信息学概念及方法;
(2)结合医学特色,案例典型,完备详实;
(3)避免大量公式及繁琐计算,以详细讲解软件的形式方便读者进行操作实践;
(4)图文并茂,提高实用性与可操作性;
(5)增加提高篇,以案例的形式介绍生物信息学的综合分析方法,便于读者对生物信息学的深入理解,给读者带来切实的帮助。
随着各种基因测序技术的兴起以及互联网的普及,医学科学已经进入基因组学、蛋白质组学、转化医学和精准医学的新时代,生物信息学在此背景下得到了快速发展。《医学生物信息学案例与实践》从医学和分子生物学角度出发,通过案例分析详细介绍常用的生物信息学数据库、基因芯片数据、RNA测序数据、单核苷酸多态SNP数据、DNA甲基化数据等的处理分析,还包括基因功能与通路分析技术、疾病风险通路的筛选、生物分子网络的构建等。《医学生物信息学案例与实践》还详细介绍了R软件及Bioconductor生物信息学软件包的使用,重点突出实用性和可操作性,以帮助读者对医学生物信息学方法的理解和掌握。
《医学生物信息学案例与实践》主要取材于编者近年来从事医学生物信息学的研究与教学工作内容,很多案例来自于编者近年来的科研实践。《医学生物信息学案例与实践》既可以作为基础医学、临床医学、预防医学等高年级本科生和研究生的“医学生物信息学”课程教材,也可供相关的生物科技人员阅读和参考。
基础篇
第1章 生物信息学绪论
1.1 生物信息学概述
1.2 医学生物信息学的主要研究内容
1.3 医学生物信息学面临的挑战
第2章 生物信息学数据库
2.1 生物信息学数据库简介
2.2 基因数据库
2.2.1 GenBank-NCBI核酸序列数据库
2.2.2 DDBJ数据库
2.2.3 EMBL数据库
2.2.4 UniGene数据库
2.3 蛋白质数据库
2.3.1 SWISS-PROT蛋白质序列分析数据库
2.3.2 PDB蛋白质结构数据库
2.3.3 SCOP数据库
2.4 突变数据库
2.5 UCSC基因组浏览数据库
2.6 OMIM数据库
2.7 集成数据库
第3章 核酸同源性序列比对的策略和方法
3.1 数据库中的相似性搜索
3.2 双序列比对
3.3 BLAST搜索实例
3.3.1 BLAST简介
3.3.2 BLAST的操作步骤
3.4 分子进化与系统发生树
3.4.1 分子进化
3.4.2 系统发生树
3.5 下一代测序技术简介
第4章 人类基因组变异数据库及SNP关联分析
4.1 SNP简介
4.2 dbSNP数据库简介
4.3 SNP关联分析
4.3.1 SNP关联分析介绍
4.3.2 plink软件批量实现SNP关联分析
4.4 基因与基因互作分析
4.4.1 Logistic回归分析
4.4.2 多因子降维法
4.4.3 决策树分析
4.4.4 PIA算法构建SNP-SNP互作网络
4.4.5 基因与环境互作分析
4.5 基于数量性状的SNP互作分析
4.6 基于SNP的系统进化树分析
4.6.1 TNF-?-308G/A的系统进化树分析
4.6.2 EPHX His139/Arg的系统进化树分析
4.6.3 TNF-?-308G/A和EPHX His139/Arg联合的系统进化树分析
4.7 GWAS数据分析简介及SNAP网络工具
4.7.1 GWAS数据分析简介
4.7.2 SNAP网络工具
4.8 SNP功能分析的生物信息学方法
4.8.1 SNP功能分析
4.8.2 SNP功能预测分数——SIFT
4.8.3 SNP功能预测分数——PolyPhen-2
第5章 基因表达数据分析
5.1 cDNA芯片平台与数据库
5.1.1 cDNA芯片平台介绍
5.1.2 基因芯片数据预处理
5.1.3 基因芯片数据处理与分析
5.2 RNA-seq测序技术及数据分析
5.2.1 RNA-seq测序技术
5.2.2 基于RNA-seq数据的差异表达基因分析
5.2.3 RNA-seq数据的外显子水平差异分析
5.2.4 RNA-seq数据的可变剪切分析
第6章 基因功能与通路分析技术
6.1 基因功能富集分析
6.1.1 GO简介
6.1.2 富集分析
6.1.3 DAVID网络工具介绍
6.2 通路数据库介绍
6.2.1 KEGG数据库
6.2.2 其他通路数据库简介
6.3 疾病风险通路筛选
6.4 INVEX软件介绍
6.5 随机森林-通路分析法挖掘特征基因
6.5.1 随机森林-通路分析法介绍
6.5.2 案例分析
6.5.3 数值实验结果
第7章 miRNA数据分析
7.1 miRNA简介
7.2 miRNA-靶基因靶向关系
7.3 miRNA数据资源
7.3.1 TarBase数据库
7.3.2 miRBase数据库
7.4 miRNA表达谱数据分析
7.5 结合SNP和miRNA表达谱探查疾病相关的miRNA
7.6 结合基因、疾病、通路和miRNA的ChemiRs网络工具简介
7.6.1 按照miRNA名称进行搜索
7.6.2 按照基因列表进行搜索
第8章 DNA甲基化及表观遗传学数据分析
8.1 DNA甲基化相关知识介绍
8.1.1 CpG岛预测算法
8.1.2 DNA甲基化检测方法
8.2 DNA甲基化区域识别软件——methyAnalysis软件包应用
8.3 肿瘤相关的DNA甲基化数据库——MethHC网络工具简介
8.3.1 浏览高(低)甲基化基因
8.3.2 肿瘤样本的甲基化水平聚类
8.3.3 基于基因搜索的DNA甲基化水平分析
8.4 DNA拷贝数变异分析
8.4.1 DNA拷贝数变异的概念
8.4.2 DNA拷贝数变异数据的分析软件——Genovar
第9章 生物分子网络
9.1 生物分子网络介绍
9.1.1 基因转录调控网络
9.1.2 蛋白质互作数据
9.1.3 蛋白质互作网络——STRING数据库介绍
9.2 网络拓扑性质介绍
9.3 拓扑性质分析软件介绍——NEXCADE
9.4 Cytoscape作图软件介绍
9.5 BioNet软件包介绍
第10章 药物基因组学
10.1 药物基因组学的概念
10.2 药物靶向识别
10.3 药物靶向交互的网络资源
10.4 基于剂量-效应关系的药物结合作用识别
提高篇
第11章 生物信息学综合数据分析案例
11.1 案例分析1:应用miRNA-mRNA失调关系优化乳腺癌亚型相关的miRNA
11.1.1 数据准备
11.1.2 数据整合分析方法
11.1.3 数值实验结果
11.2 案例分析2:多组学数据整合的肿瘤相关性研究
11.2.1 数据准备
11.2.2 数据整合分析方法
11.2.3 数值实验结果
第12章 肿瘤亚型的系统化分析
12.1 数据类型
12.2 数据的导入和描述性分析
12.3 结合miRNA和mRNA表达谱对肿瘤样本进行聚类获得肿瘤亚型
12.4 3种亚型的差异性检验
12.5 特征基因选择
12.6 整合生存数据分析
第13章 多组学数据的可视化
13.1 TCGA多组学数据的下载
13.2 多组学数据的可视化
参考文献
这本书我一直期待了好久,终于拿到手了!封面设计简洁大气,很有学术范儿,纸张质感也相当不错,翻阅起来手感很好,这一点对于经常翻书的我来说很重要。内容方面,虽然我还没来得及深入研读,但光是看目录和前言,就已经能感受到作者在这方面下了很大功夫。里面涉及到的一些前沿技术和研究方法,比如基因组学、蛋白质组学在疾病诊断和治疗中的应用,我都非常感兴趣。我一直觉得生物信息学在医学领域的潜力巨大,这本书的出现正好填补了我在这方面知识体系中的一些空白。我特别期待里面的案例分析部分,希望能通过真实的临床数据和研究,更直观地理解这些复杂的概念和工具是如何在实际工作中发挥作用的。我平时的工作会接触到一些生物医学研究,但往往觉得理论和实践之间存在一定的距离,这本书如果能帮助我搭建起一座桥梁,那真是太棒了。我也会推荐给我的同事们,大家一起学习,共同进步。
评分这本书简直是为我量身定做的!作为一名在药物研发一线摸爬滚打多年的研究员,我深切体会到传统实验方法在面对海量生物数据时的局限性。近年来,生物信息学技术突飞猛进,但很多时候,新的工具和算法出现的速度太快,如何将它们有效地应用于实际的药物发现和开发过程,对我来说一直是个挑战。这本书恰恰解决了我的痛点,它不仅仅是简单地罗列技术,更重要的是通过“案例与实践”的视角,展现了这些技术如何在真实的科研项目中落地生根,产生价值。我尤其关注其中关于药物靶点发现、分子动力学模拟以及个体化用药等章节,这些都是我目前工作中急需攻克的技术难题。书中提供的具体操作步骤、代码示例以及结果解读,对于我这种动手能力强的读者来说,简直是福音。我已经迫不及待地想把书中的方法应用到我手头的项目中,相信它一定能为我带来新的思路和突破。
评分我是一名临床医生,平时工作繁忙,但对医学前沿进展始终保持着高度关注。这次偶然的机会了解到这本书,立刻被它的主题吸引住了。虽然我不是生物信息学专业的背景,但作为一名医生,我越来越意识到数据和计算在现代医学中的重要性。这本书以“案例与实践”为切入点,我认为这是一个非常明智的选择。它不像纯粹的理论书籍那样枯燥晦涩,而是通过具体的例子,让我们能够理解生物信息学如何帮助我们解决临床问题,比如基因测序在遗传病诊断中的应用,大数据分析在疾病风险预测中的作用,以及人工智能在辅助诊断方面的潜力。我非常期待书中能有关于如何解读生物信息学报告的章节,以及如何与生物信息学专家有效沟通的内容,这些对于临床医生来说至关重要。我希望通过阅读这本书,能够提升我理解和运用生物信息学知识的能力,从而更好地服务于我的患者。
评分作为一名生物医学工程专业的学生,我对这本书的内容充满了好奇。我一直认为生物信息学是连接生物学、计算机科学和医学的桥梁,而这本书的题目恰恰点明了它在这三个领域的交叉融合。从目录上看,书中涵盖了从基础的生物数据处理到复杂的疾病模型构建,再到前沿的精准医疗应用,内容非常全面。我特别期待的是那些“实践”的部分,我希望能够学习到一些实用的生物信息学分析工具和编程技巧,比如如何使用R语言进行基因表达数据分析,或者如何利用Python进行生物大数据的挖掘。我希望这本书能够提供一些可操作的指南,让我能够跟着书中的例子,一步步地完成一个完整的生物信息学分析流程。这对于我未来的学术研究和职业发展都将大有裨益。这本书如果能让我对生物信息学在医学领域的应用有一个更清晰的认识,并掌握一些核心技能,那将是极大的收获。
评分这本书对我来说,更像是一次关于医学未来发展方向的探索之旅。我一直对科学的进步如何改变我们的生活充满兴趣,而生物信息学无疑是当前最激动人心的领域之一。这本书的“案例与实践”的定位,让我看到了理论如何转化为现实的医疗解决方案。我希望书中能够展示一些令人印象深刻的成功案例,比如通过基因组学研究发现新的致病基因,或者通过大数据分析预测流行病的传播趋势。同时,我也对书中可能提及的伦理和社会问题感兴趣,例如基因数据的隐私保护,以及人工智能在医疗决策中的责任归属等。这本书是否能够提供一些关于这些复杂问题的深入探讨,并引导读者进行思考,将是我非常看重的一点。我希望读完这本书,不仅仅是收获知识,更能引发我对未来医学发展的一些深刻思考和广阔的想象。
本站所有内容均为互联网搜索引擎提供的公开搜索信息,本站不存储任何数据与内容,任何内容与数据均与本站无关,如有需要请联系相关搜索引擎包括但不限于百度,google,bing,sogou 等,本站所有链接都为正版商品购买链接。
© 2025 windowsfront.com All Rights Reserved. 静流书站 版权所有