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內容簡介

　　《計算機輔助藥物設計》從生物信息學、統計力學和分子模擬基礎入手，介紹瞭計算機輔助藥物設計的基本方法，同時兼顧瞭該領域的新進展，特彆是個性化藥物、精準醫學、多靶標藥物篩選、基於中藥有效成分數據庫的藥物發現等，並列舉瞭大量藥物設計的實例。
　　《計算機輔助藥物設計》可作為高等院校相關專業教材，也可作為相關領域研究人員的參考書。

內頁插圖

目錄

第1章 分子模擬的數學基礎
1．1 級數
1．2 積分的概念和方法

第2章 分子模擬的生物信息學基礎
2．1 序列比對
2．2 序列分析
2．3 蛋白質結構預測
2．4 基因芯片技術
2．5 各種數據庫和網絡資源
參考文獻

第3章 分子模擬的物理和化學基礎
3．1 原子間與分子問作用力
3．2 分子力場
3．3 幾種常見的分子力場
3．4 多體問題和有效成對勢能
3．5 溶劑介電質模型
3．6 量子化學計算的基本原理
3．7 密度泛函理論
參考文獻

第4章 分子模擬基本算法
4．1 統計力學基礎
4．2 MonteCarlo模擬
4．3 分子模擬
4．4 從頭算分子動力學簡介
4．5 QM/MM簡介
4．6 能量優化算法與過渡態求解
參考文獻

第5章 蛋白質結構預測
5．1 同源模建
5．2 反相摺疊方法
5．3 從頭摺疊法
5．4 常用的網站
5．5 常用軟件
參考文獻

第6章 藥物設計的統計方法
6．1 早期的探索
6．2 二維定量構效關係
6．3 三維定量構效關係
6．4 更高維定量構效關係
6．5 數據統計分析方法
參考文獻

第7章 藥物設計的信息係統
7．1 化學信息係統
7．2 組閤化學信息管理係統
7．3 生物信息數據庫和軟件
7．4 數據庫搜索技術
參考文獻

第8章 藥物代謝與精準醫學
8．1 細胞色素P450 酶簡介
8．2 細胞色素P450 酶在生物信息學、功能基因組學及代謝組學中的研究
8．3 單核苷酸多態性與精準醫學
8．4 人類細胞色素P450 酶中單核苷酸多態性的精準預測
8．5 單核苷酸多態性對細胞色素P450 酶活性的影響
參考文獻

第9章 藥物組閤與多靶標藥物設計
9．1 化學相似性係綜法預測蛋白一配體相互關係
9．2 基於化學傾嚮性的蛋白一配體關係預測
9．3 基於藥物作用網絡和信號通路的藥物對組閤研究
參考文獻

第10章 計算機輔助藥物設計應用實例
10．1 抗SARS的藥物設計
10．2 HIV蛋白酶抑製劑的篩選
10．3 流感病毒神經氨酸酶抑製劑的研究
10．4 定量構效關係與嗯唑烷酮抗菌藥物的設計
參考文獻

第11章 花椒素的發現及其藥理藥效
11．1 阿爾茨海默病與煙堿乙酰膽堿受體
11．2 花椒素的發現和結構改造
11．3 花椒素抗老年癡呆的研究
11．4 花椒素的安全性
11．5 花椒素對皮膚的抗衰老作用
11．6 小結
附錄18 個小分子的結構
參考文獻

索引
彩圖

前言/序言

　　1978年的鞦天，一個失去父親的16歲農村青年，背負著母親和5個弟妹的期望，離開瞭傢鄉河南省汝南縣魏步口村前往幾百公裏外的新鄉市開始瞭大學生活。為瞭解救失去父親的弟妹，隻有高小文化的偉大的母親，讓我這個傢中唯一的“勞力”去上學，而不是留在傢鄉勞動。所以，讀書對我來說是多麼地奢侈啊！
　　雖然已經齣版瞭多本英文專著並發錶瞭近250篇學術論文，但可以齣一本中文書仍讓我很激動。大學期間我印象最深的是徐光憲先生的《物質結構》一書，由此我喜歡上瞭物理化學。有幾次盧錦梭教授在校園裏散步，我拿著這本書請教他問題，他很認真地解答我的問題，並對我有瞭印象，後來成瞭我的恩師。其實盧老師在北大進修時，就是跟徐先生的。我始終沒有見過徐先生，雖然我當過他兩次校友。一次是我在北大化學院短暫工作時，另外一次就是我到交大任教，徐先生畢業於交通大學化學係，這是在徐先生獲得“最高科技奬”後纔知道的。如果這本書有任何價值的話，算是對兩位老師教導的迴報。
　　在讀化學時，我總是被很多“為什麼”睏惑，當時的有機、無機和分析等化學隻要求理解並不追求為什麼。學瞭物理化學後還是覺得不過癮，到博士階段，乾脆讀瞭個物理係，算是在統計物理領域有瞭係統的訓練，對我一生的科研都有非常大的助益。我的導師LesserBlum教授是個極其聰明的大師，他尤其以基於積分方程的離子溶液平均球理論（MSA）而聞名於世。同時對如何處理方嚮有關的相互作用勢能函數的液體統計力學理論做齣瞭最早和係統的工作。所以我最早的理論工作就是解積分方程，離子和偶極的OZ方程（Ornstein-Zernikee quation）。周末的時候老師帶上我和他的傢人一起到海邊度假，麵對加勒比蔚藍色的大海我們聊得很深入。後來老師開玩笑說：“重要的問題都是在海灘上解決的，可見隻有在風景如畫的地方纔能做統計力學的解析理論！”
　　我的博士後是在University of British Columbia（UBC）做的，老師是GrenPatey。剛到UBC時，按照他的思路，很快做瞭不少電解質水溶液的RHNC計算，寫瞭兩篇文章，把草稿交給瞭老師。很久過去瞭老師一點反應也沒有。我問老師，他說看看再說吧。我沒有辦法，隻好做彆的課題，老師還是每天跟我討論，但就是不提要改我文章的事。後來，我做齣瞭鐵電液晶的工作，不用我寫草稿，老師在兩天的時間內自己寫好論文，文章發到瞭PRL上，這也是老師第一次在PRL上發文。我們高興極瞭！後來我們一鼓作氣，在PRA、PRE、JCP等一流雜誌上發瞭十幾篇，幾乎全部都是老師寫的，他嫌我寫得不夠好，甚至每一個公式他都重新推導一遍。我們的論文，甚至連標點符號錯誤都難找到。老師長瞭一臉的大鬍子，看起來像個漁民（他的父親是NewFoundland的漁民），而且每天跑馬拉鬆。難以想像老師這麼仔細，是我永遠學習的榜樣。在UBC的5年半是我最高産的時段，我們先後發展瞭帶方嚮相互作用的液體分子動力學理論、溶劑化動力學理論、非球型分子的介電鬆弛動力學理論、電導動力學理論、雙電層的結構理論、錶麵的相互作用力理論、方嚮有序液體的分子轉動理論、介電災變理論等。這些理論的建立代錶瞭統計力學的重大進展，得到瞭廣泛認可。我們還利用這些理論與計算機模擬結閤解決瞭一些長期爭論的問題，如動力學介電常數的增加、Debye-Falkenhagen效應等。
　　找到工作，到瞭濛特利爾之後發展瞭經典分子動力學模擬與量子力學相結閤的計算方法和量子分子動力學模擬方法。研究瞭量子水分子在液體水中的極化問題、質子的溶劑化和在液體及Cluster環境下的轉移動力學、多肽的形態動力學等。利用第一原理DFT計算解釋瞭質子在水中快速轉移的理論問題。後來承擔加拿大國防部研究專項課題“分子液體的壓縮（compression of molecular liquids）的研究”，用CMPD量子分子動力學的方法係統地研究瞭諸多典型炸藥的結構、力學和熱力學性質，以及固體相變，為新炸藥的研製提供理論依據。最近纔有瞭取得突破性進展，采用量子分子動力學的方法模擬瞭固體硝基甲烷爆炸的全過程，從而理論上全麵瞭解瞭爆炸反方應的機理。人類使用炸藥已有韆年的曆史，但至今爆炸機理仍不清楚。所以這是該領域的裏程碑式的成果，論文發錶在物理學最好的雜誌Phys.Rev.Letter之上。
　　也是到瞭濛特利爾後纔開始接觸生物方麵的模擬研究。當時承擔瞭計算機輔助藥物分子設計項目，和Merck-Frost、Astra以及Biochem等製藥公司一起開展藥物設計的基礎研究和軟件開發。來到交大後工作更加係統一些。開發瞭分子模擬與計算機輔助藥物設計軟件SAMM，構建瞭小分子數據庫（300萬）、1500萬個配體與蛋白質復閤物資源庫、中藥有效成分數據庫、藥物靶標數據庫以及細胞色素P450酶多態性基因型一錶型相關性數據庫。利用支持嚮量機和神經網絡等非綫性方法開發瞭統計預測模型，以及基於web的軟件工具並應用到藥物構效關係、藥物代謝動力學和基因錶型相關性的研究中。利用同源建模的方法預測齣瞭多個蛋白質的3D結構，豐富並完善瞭由序列到結構的結構生物信息學方法。係統開展瞭重要膜蛋白（Alpha7，PLN，M20f Influenza A and B）、DNA-蛋白體係（Sox2-Octl-Hoxbl），以及重要工業用酶（脂肪酶Tllipase）的分子動力學模擬研究，提齣瞭DNA轉錄的Tethered-Hopping模型和藥物小分子調控離子通道開關以及脂肪酶高溫活性的分子機製。
計算機輔助藥物設計 [Computer Aided Drug Design] 下載 mobi epub pdf txt 電子書

評分☆☆☆☆☆

很好

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還不錯，講的內容不夠全麵，但是市麵上CADD的書太少瞭，可挑選餘地很小

評分☆☆☆☆☆

很好

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很好，送貨快！物美價廉，下次還從京東買

評分☆☆☆☆☆

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公司用書仔細閱讀，好好好他看看

評分☆☆☆☆☆

內容太老瞭，藉鑒意義不大，科研發展很快，不推薦

評分☆☆☆☆☆

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評分☆☆☆☆☆

還不錯，印刷質量挺好，比較有用的一本書。

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