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内容简介

　　《计算机辅助药物设计》从生物信息学、统计力学和分子模拟基础入手，介绍了计算机辅助药物设计的基本方法，同时兼顾了该领域的新进展，特别是个性化药物、精准医学、多靶标药物筛选、基于中药有效成分数据库的药物发现等，并列举了大量药物设计的实例。
　　《计算机辅助药物设计》可作为高等院校相关专业教材，也可作为相关领域研究人员的参考书。

内页插图

目录

第1章 分子模拟的数学基础
1．1 级数
1．2 积分的概念和方法

第2章 分子模拟的生物信息学基础
2．1 序列比对
2．2 序列分析
2．3 蛋白质结构预测
2．4 基因芯片技术
2．5 各种数据库和网络资源
参考文献

第3章 分子模拟的物理和化学基础
3．1 原子间与分子问作用力
3．2 分子力场
3．3 几种常见的分子力场
3．4 多体问题和有效成对势能
3．5 溶剂介电质模型
3．6 量子化学计算的基本原理
3．7 密度泛函理论
参考文献

第4章 分子模拟基本算法
4．1 统计力学基础
4．2 MonteCarlo模拟
4．3 分子模拟
4．4 从头算分子动力学简介
4．5 QM/MM简介
4．6 能量优化算法与过渡态求解
参考文献

第5章 蛋白质结构预测
5．1 同源模建
5．2 反相折叠方法
5．3 从头折叠法
5．4 常用的网站
5．5 常用软件
参考文献

第6章 药物设计的统计方法
6．1 早期的探索
6．2 二维定量构效关系
6．3 三维定量构效关系
6．4 更高维定量构效关系
6．5 数据统计分析方法
参考文献

第7章 药物设计的信息系统
7．1 化学信息系统
7．2 组合化学信息管理系统
7．3 生物信息数据库和软件
7．4 数据库搜索技术
参考文献

第8章 药物代谢与精准医学
8．1 细胞色素P450 酶简介
8．2 细胞色素P450 酶在生物信息学、功能基因组学及代谢组学中的研究
8．3 单核苷酸多态性与精准医学
8．4 人类细胞色素P450 酶中单核苷酸多态性的精准预测
8．5 单核苷酸多态性对细胞色素P450 酶活性的影响
参考文献

第9章 药物组合与多靶标药物设计
9．1 化学相似性系综法预测蛋白一配体相互关系
9．2 基于化学倾向性的蛋白一配体关系预测
9．3 基于药物作用网络和信号通路的药物对组合研究
参考文献

第10章 计算机辅助药物设计应用实例
10．1 抗SARS的药物设计
10．2 HIV蛋白酶抑制剂的筛选
10．3 流感病毒神经氨酸酶抑制剂的研究
10．4 定量构效关系与嗯唑烷酮抗菌药物的设计
参考文献

第11章 花椒素的发现及其药理药效
11．1 阿尔茨海默病与烟碱乙酰胆碱受体
11．2 花椒素的发现和结构改造
11．3 花椒素抗老年痴呆的研究
11．4 花椒素的安全性
11．5 花椒素对皮肤的抗衰老作用
11．6 小结
附录18 个小分子的结构
参考文献

索引
彩图

前言/序言

　　1978年的秋天，一个失去父亲的16岁农村青年，背负着母亲和5个弟妹的期望，离开了家乡河南省汝南县魏步口村前往几百公里外的新乡市开始了大学生活。为了解救失去父亲的弟妹，只有高小文化的伟大的母亲，让我这个家中唯一的“劳力”去上学，而不是留在家乡劳动。所以，读书对我来说是多么地奢侈啊！
　　虽然已经出版了多本英文专著并发表了近250篇学术论文，但可以出一本中文书仍让我很激动。大学期间我印象最深的是徐光宪先生的《物质结构》一书，由此我喜欢上了物理化学。有几次卢锦梭教授在校园里散步，我拿着这本书请教他问题，他很认真地解答我的问题，并对我有了印象，后来成了我的恩师。其实卢老师在北大进修时，就是跟徐先生的。我始终没有见过徐先生，虽然我当过他两次校友。一次是我在北大化学院短暂工作时，另外一次就是我到交大任教，徐先生毕业于交通大学化学系，这是在徐先生获得“最高科技奖”后才知道的。如果这本书有任何价值的话，算是对两位老师教导的回报。
　　在读化学时，我总是被很多“为什么”困惑，当时的有机、无机和分析等化学只要求理解并不追求为什么。学了物理化学后还是觉得不过瘾，到博士阶段，干脆读了个物理系，算是在统计物理领域有了系统的训练，对我一生的科研都有非常大的助益。我的导师LesserBlum教授是个极其聪明的大师，他尤其以基于积分方程的离子溶液平均球理论（MSA）而闻名于世。同时对如何处理方向有关的相互作用势能函数的液体统计力学理论做出了最早和系统的工作。所以我最早的理论工作就是解积分方程，离子和偶极的OZ方程（Ornstein-Zernikee quation）。周末的时候老师带上我和他的家人一起到海边度假，面对加勒比蔚蓝色的大海我们聊得很深入。后来老师开玩笑说：“重要的问题都是在海滩上解决的，可见只有在风景如画的地方才能做统计力学的解析理论！”
　　我的博士后是在University of British Columbia（UBC）做的，老师是GrenPatey。刚到UBC时，按照他的思路，很快做了不少电解质水溶液的RHNC计算，写了两篇文章，把草稿交给了老师。很久过去了老师一点反应也没有。我问老师，他说看看再说吧。我没有办法，只好做别的课题，老师还是每天跟我讨论，但就是不提要改我文章的事。后来，我做出了铁电液晶的工作，不用我写草稿，老师在两天的时间内自己写好论文，文章发到了PRL上，这也是老师第一次在PRL上发文。我们高兴极了！后来我们一鼓作气，在PRA、PRE、JCP等一流杂志上发了十几篇，几乎全部都是老师写的，他嫌我写得不够好，甚至每一个公式他都重新推导一遍。我们的论文，甚至连标点符号错误都难找到。老师长了一脸的大胡子，看起来像个渔民（他的父亲是NewFoundland的渔民），而且每天跑马拉松。难以想像老师这么仔细，是我永远学习的榜样。在UBC的5年半是我最高产的时段，我们先后发展了带方向相互作用的液体分子动力学理论、溶剂化动力学理论、非球型分子的介电松弛动力学理论、电导动力学理论、双电层的结构理论、表面的相互作用力理论、方向有序液体的分子转动理论、介电灾变理论等。这些理论的建立代表了统计力学的重大进展，得到了广泛认可。我们还利用这些理论与计算机模拟结合解决了一些长期争论的问题，如动力学介电常数的增加、Debye-Falkenhagen效应等。
　　找到工作，到了蒙特利尔之后发展了经典分子动力学模拟与量子力学相结合的计算方法和量子分子动力学模拟方法。研究了量子水分子在液体水中的极化问题、质子的溶剂化和在液体及Cluster环境下的转移动力学、多肽的形态动力学等。利用第一原理DFT计算解释了质子在水中快速转移的理论问题。后来承担加拿大国防部研究专项课题“分子液体的压缩（compression of molecular liquids）的研究”，用CMPD量子分子动力学的方法系统地研究了诸多典型炸药的结构、力学和热力学性质，以及固体相变，为新炸药的研制提供理论依据。最近才有了取得突破性进展，采用量子分子动力学的方法模拟了固体硝基甲烷爆炸的全过程，从而理论上全面了解了爆炸反方应的机理。人类使用炸药已有千年的历史，但至今爆炸机理仍不清楚。所以这是该领域的里程碑式的成果，论文发表在物理学最好的杂志Phys.Rev.Letter之上。
　　也是到了蒙特利尔后才开始接触生物方面的模拟研究。当时承担了计算机辅助药物分子设计项目，和Merck-Frost、Astra以及Biochem等制药公司一起开展药物设计的基础研究和软件开发。来到交大后工作更加系统一些。开发了分子模拟与计算机辅助药物设计软件SAMM，构建了小分子数据库（300万）、1500万个配体与蛋白质复合物资源库、中药有效成分数据库、药物靶标数据库以及细胞色素P450酶多态性基因型一表型相关性数据库。利用支持向量机和神经网络等非线性方法开发了统计预测模型，以及基于web的软件工具并应用到药物构效关系、药物代谢动力学和基因表型相关性的研究中。利用同源建模的方法预测出了多个蛋白质的3D结构，丰富并完善了由序列到结构的结构生物信息学方法。系统开展了重要膜蛋白（Alpha7，PLN，M20f Influenza A and B）、DNA-蛋白体系（Sox2-Octl-Hoxbl），以及重要工业用酶（脂肪酶Tllipase）的分子动力学模拟研究，提出了DNA转录的Tethered-Hopping模型和药物小分子调控离子通道开关以及脂肪酶高温活性的分子机制。
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内容太老了，借鉴意义不大，科研发展很快，不推荐

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还不错，印刷质量挺好，比较有用的一本书。

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注重理论，如果做药物设计，不是做计算出身不推荐买。

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书不错的说是

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