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内容简介

　　 在模式生物，如多个细菌、古细菌、小鼠和人等全基因组的序列完成后，公众已经对生物全基因组序列给予了广泛注意，而对植物基因组的诠释却大大滞后了，直到目前只有拟南芥（Arabidopsis thaiiana）和水稻（Oryza sativa）完成了测序。尽管公众对动物和人的基因组更加关注，但是详细了解作物基因组的组成，对于了解生命的起源与规律等基础理论研究，以及农业和工业等多个研究与应用领域，特别是作物育种，包括进化遗传学、生物技术和食品科学等领域的研究具有重要的意义。同时，完成多种植物的全基因组测序对更深入地理解生物多样性和基因在不同作物间排列具有共线性也非常重要。
基因组作图手册是市场上关于这个领域研究的头一本书，这本书相当详缁地覆盖了这个领域的热点主题，通过物理作图和遗传作图的结合将本领域的研究主题分开叙述。全书从头到尾，每章都先从容易读懂的介绍开始，同时也考虑了非本专业工作者和新加入这个研究领域的研究者的需要，在书中每章后都附有相关内容的参考文献，供进一步详细查阅。这本书不仅是一本非常好的实验室的参考书，同时这本书也是一本优秀的教材。对于有志于学习或教授基因组学，特别是计划教授基因组作图的老师，尤其是针对植物基因组作图，将是一本不可多得的教材。本书对于指导作图实践，以及偶尔需要进行植物基因组的遗传和物理作图，也是一本新的指南。
Khalid Meksem是南伊利诺依大学植物土壤和农业系（the Department of Plant，Soi lGeneral Agriculture of Southern IHinois University）的助理教授。在Cologne大学获得博士学位以后，在1996年年底加入南伊利诺依大学。他的主要研究兴趣在以下领域：
·大豆的基因组学分析工具
·BAC和物理图谱：物理图谱构建和整合
·大豆包囊线虫病抗性基因
·植物瘸原基因组学
·开发国际和国内植物结构基因组学和功能基因组学的科学网络
Khal id Meksem是< GUnter Kahl是德国法兰克福（Frankfurt am Main）的Johann Wolfgang Goethe大学的植物分子生物学教授。在获得植物生物化学的博士学位后，他在美国East Lansin9的密执安州立大学（Michigan State University）做了两年博士后，同Pasadena的加利福尼亚理工学院（CaliforniaInstitute of Technology）的Joe Varner教授和James Bonner教授一起做研究。他的主要研究兴趣在以下领域：
·遗传和物理作图，以及植物防御基因和它们启动子的分离和定性
·植物基因组分析
·表达谱分析
由于工作的国际性质，Kahl教授与欧洲、日本、美国、叙利亚、印度和南美洲等的一系列研究机构合作。他也服务于国际原子能机构（IAEA）、联合国粮农组织（FAO）和联合国教科文组织

目录

第一部分 遗传作图
1 作图群体及遗传作图原理
概述
摘要
1.1 引言
1.2 作图群体
1.2.1 适合自交植物的作图群体
1.2.1.1 F2群体
1.2.1.2 重组自交系
1.2.1.3 回交群体
1.2.1.4 渗入系：外源基因文库
1.2.1.5 双单倍体株系
1.2.2 杂交授粉作物的作图群体
1.2.3 用两步策略对突变体和DNA片段作图
1.2.4 具体染色体的作图工具
1.2.5 自然群体与育种池的作图
1.2.6 对在物理结构图谱上与DNA对应基因和突变体的作图
1.2.7 作图中的具体问题
1.3 讨论
致谢
参考文献

2 遗传作图的分子标记体系
摘要
2.1 引言
2.2 遗传作图中常用的DNA标记
2.2.1 RFLP
2.2.1.1 常规RFLP分析技术
2.2.1.2 PCR-RFLP
2.2.1.3 错配PCR-RFLP
2.2.2 RAPD
2.2.3 SSR标记
2.2.3.1 常规SSR分析
2.2.3.2 ISSR
2.2.3.3 STMP
2.2.4 AF1P
2.2.4.1 传统的AF1P分析
2.2.4.2 fAF1P
2.2.4.3 cDNA-AF1P和HiCEP
2.2.4.4 TE-AF1P
2.2.4.5 MEGA-AF1P
2.2.4.6 MITE-AF1Ps
2.2.4.7 AF1P的转换
2.2.5 REMAP与IRAP
2.2.5.1 IRAP
2.2.5.2 REMAP
2.2.6 SRAP
2.3 讨论
参考文献

3 遗传作图的方法及软件
概述
摘要
3.1 引言
3.1.1 植物遗传连锁作图的方法和工具
3.1.1.1 问题的阐述
3.1.2 位点分组
3.1.3 位点排序
3.1.4 多位点距离的估算
3.1.5 使用变异和混合杂交设计
3.1.5.1 远缘杂交物种
3.1.5.2 同源多倍体物种
3.1.5.3 组合数据
3.1.6 连锁作图软件的实用性、界面和特征
3.2 植物QT1作图的方法和工具
3.2.1 问题的阐述
3.2.2 单标记关联
3.2.2.1 数值性状
3.2.2.2 分类性状
3.2.3 间隔作图：简单法（SIM：Simp1eInterva1Mapping）
3.2.3.1 M1方法
3.2.3.2 最小平方（回归）和非参数法
3.2.4 间隔作图：复合法（CIM：CompositeInterva1Mapping）
3.2.5 显著性测试
3.2.6 间隔作图：多个QT1模型构建
3.2.6.1 逐步回归和穷尽搜索方法构建多个QT1位点的模型
3.2.6.2 马尔克夫链蒙特卡罗M（；MC方法
3.2.6.3 遗传算法
3.2.7 多性状（MT：Muhip1e-trait）的QT1作图
3.2.8 多重杂交（MC：Mu1tipie-cross）QT1作图
3.2.9 计算最优化的方法
3.3 作图方法和工具的未来趋势
3.3.1 连锁和QT1作图的未来
3.3.2 植物作图软件所适用的软件工具
3.3.2.1 软件优良特性的标准
3.3.2.2 分析范围
3.3.2.3 学习与使用的方便性
3.3.2.4 易用性和扩展性
3.3.3 公共遗传作图软件的发展模式
参考文献

4 单核苷酸多态性：检测技术和它们在基因型分类和基因组作图中的潜力
4.1 引言
4.2 选择技术
4.2.1 SNF分析I：Invadez.技术
4.2.1.1 引言
4.2.1.2 C1eavase用作裂解的酶
4.2.1.3 寡核苷酸及其结构
4.2.1.4 探针循环和信号放大
4.2.1.5 DNA模式
4.2.1.6 RNA模式
4.2.1.7 可选择的检测模式
4.2.1.8 特异性
4.2.1.9 功能强大性
4.2.1.1 0Invadei.的应用
4.2.1.1 1结论
4.2.2 SNP分析Ⅱ：焦磷酸测序法
4.2.2.1 引言
4.2.2.2 用焦磷酸测序技术作SNP基因型分析
4.2.2.3 等位基因频率的定量
4.2.2.4 单倍型分析
4.2.3 SNP分析Ⅲ：可规模化的高度复杂的SNP基因分析平台
4.2.3.1 引言
4.2.3.2 Inumina基因型分析平台
4.2.3.3 基因型分析数据
4.2.3.4 结论
4.2.4 SNP分析Ⅳ：用MA1DI-TOFMS进行高通量SNP分析
4.2.4.1 引言
4.2.4.2 用Massarray平台进行SNP分析
4.3 总结和展望
致谢
参考文献

5 分子设计育种：通过标记辅助选择开发遗传图谱和分子标记
摘要
5.1 引言
5.2 标记辅助选择
5.2.1 遗传距离分析、品种鉴定以及种子纯度分析
5.2.2 间接选择
5.2.2.1 单基因性状
5.2.2.2 多基因（数量）性状
5.2.2.3 分子标记辅助回交
5.3 新品种的培育（标记辅助育种）
5.3.1 排除不利连锁
5.3.2 抗性基因的积累
5.3.3 多基因性状的分子标记辅助育种
5.3.4 新性状的引入
5.3.5 （外源）种质资源的有效利用
5.4 设计育种
5.4.1 对所有农艺相关性状的位点作图
5.4.2 对相关于农艺性状的位点上的等位基因的变异评价
……
第二部分 物理作图
词汇
索引

精彩书摘

对作图群体的基本要求是，被研究的性状在父母本之间一定要有多态性表现的，而且显著的性状要具有稳定遗传性。在选择作图群体中的父母本时，可参考下列方法：用它们的表型去筛选一组基因型和鉴定表型分布的极端性，最好是亲本之间有较多的遗传差异，这样分离群体中影响性状变异的遗传因素就多，鉴定亲本上控制变异性状的基因将越容易。这个方法可以用于单个基因控制的性状，也可用于多个基因控制的性状。
构建一个作图群体需要考虑的第二个重要特征是植物的繁殖方式。植物有两种最基本的繁殖方式：即自然的自交自花授粉作物如拟南芥、番茄和大豆等，或者能够进行人为手工自交。如甜菜和玉米等。另种方式是自交不亲和，自交敏感植物，如马铃薯。自交不亲合植物表现出高的遗传杂合性，对这样一些物种来说，由于自交的抑制，它们是很难产生纯合株系的。通常只有自交亲和的植物才能够产生表现最大程度纯合性的株系。总体来说，可用的植物材料决定了选择什么样的作图群体。另外需要考虑的因素就是构建群体所需要的时间和对所作图谱的分辨率的要求。所以综合上述概念的讨论，对作图本书将包括以下7个部分内容：
1.适合自交作物的作图群体；
2.适合杂交授粉物种的作图群体；
3.两步战略对突变体或DNA片段作图；
4.对特定染色体作图的作图工具；
5。自然群体的作图和育种池的作图；
6.基因作图和突变体上物理比对DNA；
7.实际作图中常发生的问题。

前言/序言

　　《植物基因组作图手册》是《TheHandbookofPlant（3enomeMapping》英文版本的中译本，是一本对于控制生物性状遗传位点或者基因进行如何定位作图的手册性专著，阐述了基因定位中各类作图的方法和原理，尤其是对植物性状遗传控制位点的作图进行了举例与分析。全书共分14章，举例说明了基于各类型克隆作图的全基因组作图以及染色体作图，包括物理图谱与遗传图谱的联系与特点区分等。适合于生物学科方向的大学生、研究生，以及相关研究人员的阅读和查阅。
　　随着小鼠和人类，以及模式植物拟南芥、水稻、玉米等全基因组的序列完成，科学家已全面展开了基因功能的研究，而对生物的重要性状表型，通过不同类型作图，确定控制性状表型的遗传位点，对克隆控制性状表型的功能基因或遗传片段，进一步说明其性状表型发育的分子机制是至关重要的，同时也是分子标记辅助育种工作中的不可或缺的基础工作。因此，基因组的作图定位在后基因组时代，仍然起着十分重要的作用，尤其是对于农作物等基因组序列冗长的物种，某种程度上作图定位是基因克隆的必备环节。
　　目前，国际上专门论述基因定位作图的书籍还不多，在国内图书市场，基本没有见到，为此我们翻译了这本书。在翻译过程中，由于可供参阅和对照的有关中文正式出版物和公认确定的诸多学术名词的中文译名，我们还不掌握，只是应用了常见的中文文献，以及自身教学和学术场合交流应用的一些名词，我们深知这些中文译名也许并不准确和正确，不能得到大家公认，欢迎广大读者在读到此类问题时，来信给予批评指正。
植物基因组作图手册：遗传作图与物理作图 [The Handbook of Plant Genome Mapping Genetic and Physical Mapping] 电子书 下载 mobi epub pdf txt

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书的内容还是挺好的，但是翻译水平有待提高

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