RNA-seq 数据分析实用方法 | ||
曾用价 | 120.00 | |
出版社 | 科学出版社 | |
版次 | 1 | |
出版时间 | 2018年03月 | |
开本 | 16 | |
作者 | ||
装帧 | 平装 | |
页数 | 0 | |
字数 | 310000 | |
ISBN编码 | 9787030564863 |
本书是目前见到的一本从实用的角度全面介绍RNA-seq数据分析的书。这本书的特色在于它在理论与实践之间取得了平衡,每一章以理论背景开始,然后是有关分析工具的描述,*后举例说明它们的用法。这本书是RNA-seq数据分析的自包含的指南。
目录
第1章 RNA-seq简介 1
1.1 引言 1
1.2 RNA的分离 3
1.3 RNA的质量控制 3
1.4 文库制备 4
1.5 主要的RNA-seq平台 7
1.5.1 Illumina 7
1.5.2 SOLID 8
1.5.3 Roche 454 8
1.5.4 Ion Torrent 9
1.5.5 Pacific Biosciences 9
1.5.6 纳米孔技术 10
1.6 RNA-seq的应用 11
1.6.1 蛋白质编码基因结构 11
1.6.2 新型蛋白质编码基因 12
1.6.3 基因表达的量化和比较 13
1.6.4 表达数量性状基因座 14
1.6.5 单细胞RNA-seq 14
1.6.6 融合基因 15
1.6.7 基因变异 15
1.6.8 长的非编码RNA 16
1.6.9 非编码小RNA 16
1.6.10 扩增产物测序(ampli-seq) 16
1.7 选择RNA-seq平台 17
1.7.1 选择RNA-seq平台和测序模式的8个原则 17
1.7.2 小结 20
参考文献 20
第2章 RNA-seq数据分析导论 23
2.1 引言 23
2.2 差异表达分析工作流程 25
2.2.1 第*步:读段的质量控制 26
2.2.2 第二步:读段的预处理 26
2.2.3 第三步:将读段比对到参考基因组 26
2.2.4 第四步:基因组引导的转录组组装 27
2.2.5 第五步:计算表达水平 27
2.2.6 第六步:比较不同条件之间的基因表达 27
2.2.7 第七步:在基因组的上下文中的数据可视化 27
2.3 下游分析 28
2.3.1 基因注释 28
2.3.2 基因集的富集分析 29
2.4 自动的工作流程和管线 29
2.5 硬件要求 30
2.6 仿效书中的示例 30
2.6.1 使用命令行工具和R 31
2.6.2 使用Chipster软件 31
2.6.3 示例数据集 32
2.7 小结 33
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