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內容簡介

　　本書共六章，第1章介紹生物信息學使用環境搭建，主要介紹Linux的發行版、安裝、基本配置及遠程訪問工具；第二章介紹生物信息學分析中主要用到的基本Linux命令，並使用生物信息數據進行實例操作；第三章介紹生物信息學的基本序列比對，包括BLAST比對、BLAT比對及ClustalW多序列比對等；第四章和第五章介紹目前生物信息學研究領域的熱點——高通量數據分析方法，包括基因芯片分析和RNA-seq分析；第六章介紹蛋白質結構預測的基本方法。全書內容介紹由淺人深，重視對生物信息學實踐能力的培養，通過生物信息學工具和方法來分析具體的生物信息學數據，從而使讀者逐步打開生物信息學的大門。
　　本書特彆適閤剛剛涉人生物信息學研究的初學者，同時也適閤對生物信息學感興趣的研究生參考使用。

內頁插圖

目錄

第一章 生物信息學使用環境搭建
第一節 Linux係統簡介
一、免費獲取
二、跨平颱的硬件支持
三、豐富的軟件支持
四、多用戶多任務
五、可靠的安全性
六、良好的穩定性
七、完善的網絡功能
第二節 Linux操作係統安裝及基本配置
一、Linux發行版介紹
二、Linux操作係統的安裝
三、Windows XP係統與Fedora 18共存
四、Llnux下的遠程訪問配置
五、遠程訪問工具使用
六、Cygwin工具的使用
七、WinSCP
八、使用SCP終端命令在Windows和Linux之間傳輸文件

第二章 Linux與生物信息學
第一節 Linux文件係統介紹
第二節 Linux基本命令介紹
一、絕對基本命令
二、文件和目錄操作命令
第三節 Linux環境下Vi編輯器的使用
一、啓動Vi編輯器
二、幾種模式切換
三、編輯相關命令
四、查找和替換命令
第四節 Shell編程基礎

第三章 基因序列比對
第一節 BLAST比對
一、BLAST介紹
二、BL，AST程序介紹
三、BLAST程序安裝
第二節 BLAT比對
一、BLAT介紹
二、下載BLAT
三、編譯安裝BLAT
四、運行BLAT
五、BLAT運行實例
六、在綫運行BLAT
第三節 Clustal W多序列比對
一、簡介
二、下載Clustal W
三、安裝Clustal W
四、運行Clustal W程序
五、命令方式運行Clustal W
六、在綫方式運行Clustal W

第四章 基因芯片分析
第一節 引言
第二節 DNA微陣列分析
一、DNA微陣列實驗介紹
二、解釋微陣列數據
三、對微陣列數據進行處理
四、對微陣列數據進行相似陛分析
五、對DNA微陣列數據進行聚類分析
六、自組織映射
七、對DNA微陣列數據進行差異錶達分析
八、DNA微陣列數據分析相關工具

第五章 RNA-seq分析
第一節 引言
第二節 分析流程
一、數據準備
二、軟件準備
三、RNA-seq分析過程

第六章 蛋白質結構預測
第一節 概論
第二節 從頭預測法
第三節 反嚮摺疊方法
一、摺疊數據庫的準備
二、建立閤適的勢函數
三、摺疊模式的確定
四、蛋白最終模型的建立
第四節 同源建模
一、同源參考蛋白的搜索
二、結構保守區域的確定
三、序列比對
四、模型搭建
五、模型的優化與評估
六、同源建模的應用和展望
第五節 蛋白結構預測中常用的網站

前言/序言

　　隨著人類基因組測序的完成，大量的高通量數據（包括基因芯片數據和二代測序數據）湧現，越來越多的人類基因組數據得到解讀，為臨床診斷各種疾病提供瞭強有力的支撐。由此可以看齣生物信息學學科的重要性及發展潛力，但同時這門課程是一門交叉學科，隻有具備計算機科學、數學、統計學、生物化學等綜閤知識纔能進行生物信息學數據挖掘。編者在高校從事各個層次學生的生物信息學課程教學，從而更能理解學生對這門課程的渴求和極大興趣，但同時又礙於無從著手，對實際問題缺乏分析解決能力的現狀。
　　為此，編寫本書力爭從基本的概念著手，包括Linux操作係統的安裝及主要命令使用、基因序列比對、基因芯片分析、RNA-seq分析和蛋白質結構分析等。每章都配備有具體的操作案例和代碼，每個步驟講解詳細，由淺入深，使初學生物信息學的讀者能很快上手，並逐步掌握各種生物信息學分析軟件的使用，最後達到對具體的生物信息學數據進行分析挖掘的目的。本書的一大特色是案例豐富，注重實踐能力的培養，並附有大量的分析數據和源代碼。本書的編寫得到瞭重慶醫科大學基礎醫學院管理部門的大力支持，以及各編寫人員的大力配閤，在此錶示衷心的感謝。本書可供初學生物信息學人員使用，也可供與生物信息學結閤緊密的學科人員參考，同時也可作為生物信息學培訓課程教學使用。由於編者能力有限和時間倉促，書中不足之處在所難免，敬請讀者批評指正。
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