《四库全书》在编纂过程中，虽然保留了大量的古籍，但编纂的过程，既是寓禁于征的过程，又是大兴文字狱的过程。在长达10余年的修书过程中，禁毁图书3100多种、15万部以上，发生了48起“文字狱”。在收入《四库全书》的图书中，对于不能不收录的名家名作则大肆篡改。在整体上重视儒家著作，轻视科技著作，除了农家、医家和天文算法类收录少数科技著作之外，大部分科技著作因有碍于愚民而被禁毁。
本书的编纂沿用了原书的布局，分为经、史、子、集四部分，节选了各部的经典著作。在体例上，大部采用原文加译文的结构，以方便阅读。对于集部中的诗文则采用原文加注释的结构，旨在免去穿凿附会之意，由读者根据自己的人生阅历去解读，从而尊重每一位诗文爱好者的艺术鉴赏个性。

【经部】

大学
中庸
论语
孟子
诗经
尚书
礼仪
礼记
孝经
左
【史部】

国语
战国策
史记
贞观政要
资治通
【子部】

六韬
墨子
老子
庄子
荀子
新书
商君书
韩非子
吕氏春秋
吴子
三略
智囊
百战奇
【集部】

楚辞
两汉魏晋南北朝诗
唐诗
宋词
散文

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